W wyroku z dnia 24 marca 2017 r., sygn. akt: II OSK 1901/15, NSA wskazał, że przepisy art. 36a Prawa budowlanego, nie mają zastosowania po dokonaniu samowolnego odstępstwa do zatwierdzonego projektu budowlanego. Przesądzają one jedynie, że istotne odstępstwo od zatwierdzonego projektu budowlanego lub innych warunków pozwolenia na budowę jest dopuszczalne tylko po uzyskaniu decyzji o zmianie pozwolenia na budowę. W przypadku nieuzyskania takiej decyzji, ma zastosowanie art. 50 i 51 Prawa budowlanego.

Sąd zauważył, że przepis art. 51 ust. 1 pkt 3 Prawa budowlanego znajduje zastosowanie do robót budowlanych prowadzonych w sposób istotnie odbiegający od ustaleń i warunków określonych w zatwierdzonym projekcie budowlanym lub ustaleń i warunków określonych w pozwoleniu na budowę także w przypadku, gdy roboty te zostały zakończone jeszcze przed wszczęciem postępowania na podstawie art. 50 i 51 Prawa budowlanego. Jakkolwiek art. 51 ust. 7 Prawa budowlanego stanowi jedynie o tym, że art. 51 ust. 1 pkt 1 i 2 stosuje się odpowiednio, jeżeli roboty budowlane zostały wykonane, to z treści art. 51 ust. 4 Prawa budowlanego wynika wprost, że art. 51 ust. 1 pkt 3 Prawa budowlanego ma zastosowanie także w przypadku zakończenia budowy. Przepis art. 51 ust. 4 Prawa budowlanego stanowi podstawę do ewentualnego zatwierdzenia projektu budowlanego zamiennego w przypadku zakończenia budowy. Wydanie takiej decyzji powinno być poprzedzone decyzją, o której mowa w art. 51 ust. 1 pkt 3 Prawa budowlanego, a więc zobowiązaniem do złożenia projektu zamiennego.