Dla szkół i placówek publicznych nie prowadzonych przez jednostki samorządu terytorialnego ustawodawca przewidział inne reguły likwidacji.

Jak wskazuje art. 59 ust. 2 zd. 2 ustawy o systemie oświaty szkoła lub placówka publiczna prowadzona przez osobę prawną inną niż jednostka samorządu terytorialnego lub osobę fizyczną może zostać zlikwidowana za zgodą organu, który udzielił zezwolenia na jej założenie. 

Ustawa o systemie oświaty nie reguluje w jakiej formie taka zgoda powinna zostać wyrażona. Jak podaje doktryna należałoby oczekiwać w tym zakresie formy decyzyjnego rozstrzygnięcia, gdyż wymaga tego potrzeba zabezpieczenia interesów organu prowadzącego szkołę oraz fakt, że poprzez taka decyzję dojdzie do odwrotnego skutku prawnego w stosunku do tego jaki miał miejsce po udzielonym wcześniej przez ten organ zezwoleniu na założenie szkoły publicznej przez podmiot niepubliczny (M. Pilich, Ustawa o systemie oświaty, Komentarz, wyd. VI, LEX).

Powołany fragment przepisu jest jedynym odnoszącym się do likwidacji szkoły publicznej nie prowadzonej przez JST. Nie przewidziano w nim obowiązku uzyskania zgody kuratora oświaty na taką likwidację, dlatego w przypadku likwidacji szkoły publicznej prowadzonej przez osobę prawną inną niż jednostka samorządu terytorialnego lub osobę prawną nie ma konieczności spełniania takiego wymogu.