Omówiono już, iż organ nadzoru pedagogicznego ma prawo wydawania dyrektorom szkół i placówek doraźnych zalecenia oraz zgłaszać uwagi i wnioski wynikające z przeprowadzonych czynności.

W przypadku, gdy organ nadzoru uzna wydanie zaleceń za niewystarczające, a szkoła, placówka, lub organ prowadzący prowadzi swoją działalność z naruszeniem przepisów ustawy o systemie oświaty, organ nadzoru pedagogicznego może w drodze decyzji administracyjnej polecić usunięcie uchybień wyznaczając konkretny termin. Jak podkreślił Naczelny Sąd Administracyjny, wydanie decyzji na podstawie art. 34 ust. 1 ustawy ma charakter fakultatywny. Oznacza to, że stwierdzenie naruszenia przepisów ustawy nie musi zawsze następować w drodze decyzji oraz być wyartykułowane w formie poleceń (I OSK 1469/06).

Jeżeli dyrektor szkoły lub placówki nie usunie w wyznaczonym terminie uchybień organ sprawujący nadzór pedagogiczny występuje do organu prowadzącego szkołę lub placówkę z wnioskiem o odwołanie dyrektora szkoły lub placówki z końcem albo w czasie roku szkolnego bez wypowiedzenia. Wniosek ten jest wiążący dla organu prowadzącego szkołę lub placówkę.

Gdy szkoła lub placówka prowadzona przez jednostkę samorządu terytorialnego a także sama jednostka nie usunie uchybień wynikających z naruszenia przepisów ustawy, organ sprawujący nadzór pedagogicznego zawiadamia o tym wojewodę sprawującego nadzór nad działalnością komunalną.

Powyższe zastrzeżenie nie ma jednak zastosowania jeżeli naruszenie przepisów ustawy nastąpiło w uchwale organu jednostki samorządu terytorialnego. Wówczas kurator powiadamia wojewodę o naruszeniu przepisów ustawy. W ten sposób ustawodawca zaniechał naruszenia przez kuratora oświaty strefy nadzoru nad jednostkami samorządu terytorialnego jaką sprawuje wojewoda, poprzez stwierdzanie nieważności uchwał z powodu ich sprzeczności z prawem.

Odrębny sposób postępowania został przewidziany dla działalności organu nadzoru pedagogicznego w sytuacji stwierdzenia niedostatecznych efektów kształcenia lub wychowania w szkole lub placówce. Wówczas organ sprawujący nadzór pedagogiczny poleca opracowanie programu i harmonogramu poprawy efektywności kształcenia i wychowania.

Ustawa określa cztery etapy tworzenia programu naprawczego:

1. stwierdzenie niedostatecznych efektów kształcenia lub wychowania w szkole lub placówce – wówczas organ sprawujący nadzór pedagogiczny poleca dyrektorowi szkoły lub placówki opracowanie programu i harmonogramu poprawy efektywności kształcenia lub wychowania,
2. przygotowanie programu naprawczego – ustawa nakłada na dyrektora szkoły lub placówki obowiązek opracowania programu naprawczego w uzgodnieniu z organem prowadzącym,
3. przedstawienie gotowego programu, do zaopiniowania radzie rodziców,
4. przedstawienie programu i harmonogramu poprawy efektywności kształcenia i wychowania organowi sprawującemu nadzór pedagogiczny. Terminy na wdrożenie programu określone w harmonogramie podlegają jedynie zaakceptowaniu przez organ nadzoru, natomiast do samego programu organ sprawujący nadzór pedagogiczny może zgłaszać uwagi i wnioski, które w programie należy uwzględnić.

Jeżeli dyrektor szkoły lub placówki nie opracuje lub nie wdroży w oznaczonych w harmonogramie terminach programu poprawy efektywności kształcenia lub wychowania, albo nie uwzględni w programie zgłoszonych uwag i wniosków wówczas podobnie jak zostało omówione powyżej organ sprawujący nadzór pedagogiczny dysponuje sankcją, w postaci wystąpienia do organu prowadzącego szkołę lub placówkę z wnioskiem o odwołanie dyrektora.

W przypadku szkoły lub placówki prowadzonej przez osobę fizyczną lub prawną (z wyjątkiem jednostki samorządu terytorialnego) nie usunięcie uchybień w wyznaczonym terminie lub zaniechanie obowiązków związanych z opracowaniem wdrożeniem czy konsultacją programu naprawczego, może stanowić podstawę cofnięcia w drodze decyzji, zezwolenia na złożenie tej szkoły. Jest ono równoznaczne z postawieniem jej w stan likwidacji.