Stwierdzając nieważność uchwały planistycznej w całości organ nadzoru powinien precyzyjnie powiązać dostrzeżone przez siebie naruszenia prawa z przesłankami stwierdzenia nieważności takiej uchwały, ujętymi w art. 28 ust. 1 ustawy o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym. Motywy rozstrzygnięcia organu w tym zakresie należy przedstawić w uzasadnieniu, gdyż akt nadzoru dotyczy uchwały planistycznej, podejmowanej po przeprowadzeniu czasochłonnej i kosztownej procedury. Organ nadzoru w razie stwierdzenia, że wadliwa jest część uchwały planistycznej, winien ograniczyć się do stwierdzenia nieważności badanej uchwały tylko w części, o ile pozostała niewadliwa część może funkcjonować samodzielnie w obrocie (wyrok WSA w Opolu z 4 kwietnia 2017 roku, sygn. II SA/Op 118/17, nieprawomocny).
Nie każde naruszenie prawa powoduje konieczność stwierdzenia nieważności uchwały o planie miejscowym, a nie każde naruszenie prawa powoduje konieczność stwierdzenia nieważności uchwały w całości. Art. 28 ust. 1 ustawy o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym posługuje się skalą oceny zakresu wadliwości uchwały rady gminy. W konsekwencji należy uznać, że wadliwość dotycząca tylko niektórych terenów objętych planem nie zawsze musi skutkować nieważnością całego planu. Tylko wadliwe zapisy, które zaburzają postanowienia całego miejscowego planu zagospodarowania przestrzennego, skutkują stwierdzeniem nieważności uchwały przyjmującej ten plan, w całości. W przeciwnym razie nieważność dotyczyć może tylko części planu.
Interpretacja przepisu art. 28 ust. 1 ustawy o planowaniu i zagospodarowaniu przestrzennym prowadzi do wniosku, że stwierdzenie nieważności całej uchwały może mieć miejsce tylko wtedy, gdy naruszenia wskazane w tym przepisie odnoszą się do całej uchwały lub przeważającej jej części. Jeśli natomiast naruszenia dotyczą tylko części ustaleń planu, lub znikomej części, to wystarczające jest wyeliminowanie z obrotu prawnego tylko tej części, o ile pozostała niewadliwa część może funkcjonować samodzielnie w obrocie (por. wyrok NSA z dnia 7 marca 2014 r., sygn. akt II OSK 207/14). Nadto wyjaśnienie, dlaczego organ nadzoru stwierdził nieważność zaskarżonej uchwały w całości lub w części, powinno znaleźć się w uzasadnieniu rozstrzygnięcia. Organ nadzoru zobligowany jest do rozważenia czy wskazane było stwierdzenie nieważności planu jedynie w części dotyczącej zapisów co do których stwierdził wadliwości. W szczególności należało wziąć pod uwagę rozmiar i rangę naruszeń i dokonać oceny tego czy zapisy planu w zakresie niezgodności ze wskazanymi przepisami są na tyle wadliwe i ściśle związane z przeważającą częścią ustaleń planu, że nie ma możliwości wyeliminowanie jedynie postanowień naruszających zasady sporządzania planu, tak by zakres pozostawionych zapisów planu mógł w sposób określony w obowiązujących przepisach prawa stanowić wyczerpującą i prawidłową regulację odnoszącą się do zagospodarowania przestrzennego pozostałych terenów. Organ nadzoru powinien również dokonać analizy czy pozostawienie w mocy pozostałych zapisów planu miejscowego, nie doprowadzi do tego, że uchwała będzie nieczytelna bądź niekompletna. Przesłanki działania organu nadzoru muszą zostać wyrażone wprost i nie mogą być przedmiotem domniemań. Natomiast w sytuacji, gdy organ nadzoru decyduje się na stwierdzenie nieważności poddanej jego kontroli uchwały organu gminy w całości, to uzasadnienie wydanego rozstrzygnięcia nadzorczego powinno przekonywać o sprzeczności z prawem w istotnym zakresie wszystkich (a nie tylko niektórych) postanowień zawartych w uchwale.
