Jednostka kontrolowana ma 30 dni na zawiadomienie izby o wykonaniu wniosków zawartych w wystąpieniu pokontrolnym lub o przyczynach ich niewykonania. Jednakże, jeżeli nie zgadza się z argumentami izby i przedstawi jej swoje zastrzeżenia, termin ten nie obowiązuje.

Jego bieg zostaje wówczas zawieszony, do czasu rozpatrzenia przez kolegium izby zastrzeżeń jednostki. Co ważne procedura ta dotyczy jednak wyłącznie tej części wniosków, w stosunku do których kontrolowany miał wątpliwości.

W sytuacji otrzymania zastrzeżeń kolegium izby może:

• uwzględnić je w całości,

• oddalić argumenty jednostki,

• przyznać częściową rację kontrolowanemu.

Na uchwałę kolegium RIO w przedmiocie rozpatrzenia zastrzeżeń do wniosków zawartych w wystąpieniu pokontrolnym nie przysługuje skarga do sądu administracyjnego. Potwierdza to postanowienie Naczelnego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 26 października 2011 r. (sygn. akt II GSK 2111/11).

Wniosków, co do których kolegium izby postanowi uwzględnić wniesione zastrzeżenia, jednostka nie musi wykonywać