Od końca 1998 roku Pieniński Park Narodowy nie posiada obowiązującego planu ochrony. Pełniący takie funkcje „Plan urządzania Gospodarstwa Rezerwatowego Pienińskiego Parku Narodowego na lata 1989-1998” obowiązywał do 31 grudnia 1998 roku, a opracowywany później plan na lata 2001-2020 nigdy nie został zatwierdzony do stosowania, a Park funkcjonował w oparciu o roczne zadania ochronne zatwierdzane przez Ministra Środowiska. Stan ten może wkrótce ulec zmianie – do zaopiniowania przez Zespół ds. Infrastruktury, Rozwoju Lokalnego, Polityki Regionalnej oraz Środowiska trafił właśnie projekt rozporządzenia Ministra Środowiska w sprawie ustanowienia planu ochrony dla Pienińskiego Parku Narodowego.

Ustalone w projekcie cele ochrony przyrody PPN to:

1. utrzymanie procesów ekologicznych i stabilności ekosystemów;
2. zachowanie różnorodności biologicznej;
3. zachowanie dziedzictwa geologicznego i paleontologicznego;
4. zapewnienie ciągłości istnienia gatunków roślin, zwierząt i grzybów, wraz z ich siedliskami, przez ich utrzymanie lub przywrócenie do właściwego stanu ochrony;
5. ochrona walorów krajobrazowych oraz zadrzewień;
6. utrzymanie lub przywrócenie do właściwego stanu ochrony siedlisk przyrodniczych, a także pozostałych zasobów, tworów i składników przyrody;
7. kształtowanie właściwych postaw człowieka wobec przyrody przez edukację, informowanie i promocję w dziedzinie ochrony przyrody;
8. zapewnienie niezakłóconego, naturalnego przebiegu procesów przyrodniczych w obszarach ochrony ścisłej.

Wszystkich zainteresowanych zachęcamy do zapoznania się ze szczegółowymi działaniami zaplanowanymi dla osiągnięcia wymienionych wyżej celów.