Zgodnie z art. 22a ust. 1 pkt 1 organy, wydający zezwolenie na wykonywanie przewozów regionalnych w krajowym transporcie drogowym odmawiają udzielenia lub zmiany zezwolenia na wykonywanie przewozów regularnych w krajowym transporcie drogowym w przypadku, gdy wnioskodawca nie jest w stanie świadczyć usług będących przedmiotem wniosku, korzystając z pojazdów pozostających w jego bezpośredniej dyspozycji.
Zgodnie z ust. 1 pkt 2 powołanego artykułu właściwe organy mogą odmówić udzielenia lub zmiany zezwolenia na wykonywanie przewozów regularnych w krajowym transporcie drogowym, w przypadku wystąpienia jednej z następujących okoliczności:
- zostanie wykazane, że projektowana linia regularna stanowić będzie zagrożenie dla już istniejących linii regularnych, z wyjątkiem sytuacji, kiedy linie te są obsługiwane tylko przez jednego przewoźnika lub przez jedną grupę przewoźników,
- zostanie wykazane, że wydanie zezwolenia ujemnie wpłynie na rentowność porównywalnych usług kolejowych na liniach bezpośrednio związanych z trasą usług drogowych,
- wnioskodawca nie przestrzega warunków określonych w posiadanym już zezwoleniu lub wykonuje przewozy niezgodnie z posiadanym zezwoleniem.
W przypadku określonym w pkt 1 organ jest związany dyspozycję przepisu, co oznacza, że jest zobowiązany do wydania decyzji odmownej. Potwierdza to również orzecznictwo. W wyroku WSA w Bydgoszczy z dnia 3 listopada 2010 r. II SA/Bd 812/2010 LexPolonica nr 2484878 wskazano, że „właściwy organ administracyjny ma obowiązek odmówić udzielenia lub zmiany zezwolenia w sytuacji, w której przedsiębiorca ubiega się o wydanie zezwolenia na przewozy regularne w krajowym transporcie drogowym, przy czym nie będzie mógł wykonywać przewozów na zaproponowanej przez niego linii komunikacyjnej z uwagi na niedysponowanie wystarczającą liczbą pojazdów."
W pozostałych przypadkach organ działa w ramach tzw. uznania administracyjnego. O czym warto zatem pamiętać przy wydawaniu decyzji odmownej. Po pierwsze należy dokładnie wskazać podstawę prawną tak by strona wiedziała, czy odwołuje się od decyzji uznaniowej czy od decyzji gdzie organ był związany treścią przepisu (tak np. Wyrok WSA w Gorzowie Wlkp. Z dnia 15 września 2011 r. II SA/Go 318/11, uwaga orzeczenie nieprawomocne).
Szczególnie ostrożnie należy postępować w przypadku zmiany stanu faktycznego pomiędzy datą złożenia wniosku przez stronę a jego rozpatrzeniem. W wyroku WSA we Wrocławiu z dnia 22 stycznia 2010 r. III SA/Wr 375/09 wskazano, że organ nie może odmówić wydania zezwolenia, jeżeli linie te są obsługiwane tylko przez jednego przewoźnika lub przez jedną grupę przewoźników. Nie można więc uznać za prawidłowe zachowanie organów administracyjnych polegające na powoływania się na okoliczności związane z przewoźnikiem, któremu zezwolenia udzielono w trakcie rozpatrywania wniosku skarżącego na przewozy regularne na określonej linii (w przedstawionej sprawie drugi z obecnych przewoźników prywatnych zezwolenie otrzymał dopiero w dniu 25 lipca 2008 r, skarżący wystąpił z wnioskiem w dniu 25 czerwca 2008 r., zatem w dacie składania wniosku przez skarżącego, przesłanka z art. 22 a pkt 1 lit. a w ogóle nie istniała).
Należy pamiętać, że decyzją odmowną nie można ograniczać konkurencji. W uzasadnieniu wyroku NSA z dnia 28 października 2008 r. II GSK 402/08 wskazano, że konkurencja jest na rynku działaniem normalnym i pożądanym, zaś omawiany przepis ma za zadanie przeciwdziałać jedynie niszczącej konkurencji, która może zagrozić istnieniu firm dotychczasowych, nie zaś takiej konkurencji, która np. zmobilizuje przewoźników do lepszej organizacji pracy. Zatem ustalenie zagrożenia wymaga precyzyjnej analizy sytuacji.
W innym wyroku WSA w Lublinie z dnia 14 stycznia 2010 r. III SA/Lu 492/09 wskazano, że dla już istniejących przedsiębiorców nowy przewoźnik jest postrzegany jako swoiste "zagrożenie" z uwagi na sam fakt, że stanowi konkurencję, nie można jednak tego utożsamiać z "zagrożeniem" w rozumieniu art. 22a ust. 1 pkt 2 lit. a) ustawy o transporcie drogowym. Dlatego też organ podejmując rozstrzygnięcie nie powinien traktować opinii innych przewoźników w sposób wiążący, ponieważ ci przedsiębiorcy prowadząc działalność gospodarczą z założenia nastawieni są na osiąganie zysku, który będzie większy, jeżeli będzie mniej konkurencji - wobec czego ich oświadczenia co do zasady nie są obiektywne.