W przypadku istotnego odstąpienia od zatwierdzonego projektu budowlanego lub innych warunków pozwolenia na budowę właściwy organ nakłada, określając termin wykonania, obowiązek sporządzenia i przedstawienia projektu budowlanego zamiennego.
Musi on uwzględniać zmiany wynikające z dotychczas wykonanych robót budowlanych oraz - w razie potrzeby - wykonania określonych czynności lub robót budowlanych w celu doprowadzenia wykonywanych robót budowlanych do stanu zgodnego z prawem; przepisy dotyczące projektu budowlanego stosuje się odpowiednio do zakresu tych zmian (art. 51 ust. 1 ustawy). Po upływie terminu lub na wniosek inwestora, właściwy organ sprawdza wykonanie obowiązku, o którym mowa w ust. 1 pkt 3 i wydaje decyzję w sprawie zatwierdzenia projektu budowlanego i pozwolenia na wznowienie robót budowlanych albo - jeżeli budowa została zakończona - o zatwierdzeniu projektu budowlanego zamiennego. W decyzji tej nakłada się obowiązek uzyskania decyzji o pozwoleniu na użytkowanie (ust. 4). W przypadku niewykonania w terminie obowiązku, o którym mowa w ust. 1 pkt 3, właściwy organ wydaje decyzję nakazującą zaniechanie dalszych robót budowlanych bądź rozbiórkę obiektu lub jego części, bądź doprowadzenie obiektu do stanu poprzedniego (ust. 5).
Projekt budowlany zamienny podlega merytorycznej ocenie organu, tak jak projekt "pierwotny". Stosownie bowiem do treści art. 51 ust. 1 pkt 3 Prawa budowlanego w odniesieniu do projektu budowlanego zamiennego stosuje się odpowiednio przepisy dotyczące projektu budowlanego "pierwotnego". Oznacza to, że stosownie do art. 35 ust. 1 Prawa budowlanego, znajdującego w stosunku do projektu zamiennego odpowiednie zastosowanie, przed wydaniem decyzji o zatwierdzeniu projektu budowlanego zamiennego właściwy organ sprawdza zgodność projektu z ustaleniami miejscowego planu zagospodarowania przestrzennego albo decyzji o warunkach zabudowy i zagospodarowania terenu w przypadku braku miejscowego planu, a także z wymaganiami ochrony środowiska; zgodność projektu zagospodarowania działki lub terenu z przepisami, w tym techniczno-budowlanymi; kompletność projektu budowlanego i posiadanie wymaganych opinii, uzgodnień, pozwoleń i sprawdzeń; wykonanie projektu, a w przypadku obowiązku sprawdzenia projektu także sprawdzenie, przez osobę posiadającą wymagane uprawnienia budowlane i legitymującą się aktualnym zaświadczeniem, o którym mowa w art. 12 ust. 7. Dopiero w razie spełnienia tych wymagań organ na podstawie art. 51 ust. 4 Prawa budowlanego wydaje decyzję zatwierdzającą projekt budowlany zamienny.
Sam jednak fakt przedłożenia żądanego projektu zamiennego w żadnej mierze nie obliguje organu nadzoru budowlanego do automatycznego zatwierdzenia projektu. Jeżeli bowiem okaże się, że zatwierdzenie projektu zamiennego jest niemożliwe (czy to ze względu na jego sprzeczność z przepisami techniczno - budowlanymi, czy z uwagi na sprzeczność z planem zagospodarowania przestrzennego, bądź decyzją o warunkach zabudowy) organ wydaje decyzję przewidzianą w art. 51 ust. 5 Prawa budowlanego, nakazującą rozbiórkę obiektu lub jego części, bądź doprowadzenie obiektu do stanu poprzedniego.
Zatem także na etapie postępowania legalizacyjnego prowadzonego na podstawie art. 51 ust. 4 Prawa budowlanego, organ nadzoru budowlanego ma obowiązek zbadania zgodności przedłożonego projektu budowlanego zamiennego z przepisami techniczno-budowlanymi a nie tylko w zakresie jego kompletności czy sporządzenia zgodnie z zasadami wiedzy technicznej.
Źródło: Wyrok WSA w Gorzowie Wielkopolskim z dnia 2 czerwca 2015 r., II SA/Go 248/15, CBOSA