Do projektu wystąpienia pokontrolnego jednostka kontrolowana może złożyć zastrzeżenia.
Rozpatruje je podmiot uprawniony do kontroli, który:
- odrzuca zastrzeżenia wniesione przez osobę nieuprawnioną lub wniesione po upływie terminu i zawiadamia o tym zgłaszającego zastrzeżenia, informując na piśmie o przyczynach;
- uwzględnia zastrzeżenia w całości lub w części;
- oddala zastrzeżenia w całości lub części.
Kierownik jednostki kontrolowanej może także wycofać złożone zastrzeżenia. Wycofane zastrzeżenia pozostawia się bez rozpatrzenia.
Jeżeli w trakcie rozpatrywania zastrzeżeń zaistnieje konieczność przeprowadzenia dodatkowych czynności kontrolnych, kontrolujący przeprowadzi takie czynności na podstawie nowego upoważnienia.
W trakcie rozpatrywania zastrzeżeń podmiotowi uprawnionemu do kontroli przysługuje prawo żądania przedstawienia dokumentów lub złożenia pisemnych wyjaśnień przez pracowników jednostki kontrolowanej.