System zarządzania projektami może funkcjonować w ramach struktury macierzowej zrównoważonej. W takim rozwiązaniu organizacyjnym stanowiska i komórki (Zespoły, Komitety sterujące) powoływane są w miarę zaistnienia takiej potrzeby na czas realizacji danego przedsięwzięcia.  Oznacza to, iż ciągle równolegle, oprócz procesów pracownicy z większym lub mniejszym natężeniem angażują się w realizację projektów.

Dlatego też funkcjonowanie obok siebie tych dwóch wymiarów musi również wiązać się ze ścisłym określeniem zasad alokacji pracowników w procesach i projektach. Wymaga ona od pracowników dużej dojrzałości organizacyjnej, po to by wspólnie realizować nie tylko cele operacyjne, lecz również cele projektowe. Takie rozwiązanie organizacyjne nakłada na kierowników projektów i szefów wydziałów, pionów niemalże obowiązek ciągłego doskonalenia umiejętności komunikacji i współpracy zespołowej, jak również stałego negocjowania ograniczonych zasobów. Pojawia się tzw. problem dwóch szefów, priorytetyzacji zadań operacyjnych i projektowych, braku zasobów, prowadzenie projektów w tego typu strukturze ułatwia praca nad ciągłym wzrostem świadomości projektowej w organizacji. W przypadku instytucji administracji publicznej, w której realizuje się niewiele projektów, takie rozwiązanie może usprawnić wiele prac związanych z zarządzaniem projektem.

Dla instytucji, których głównym rodzajem działalności jest realizacja projektów, inwestycji, przedsięwzięć warto rozważyć strukturę macierzową silną. Różni się ona od struktury zrównoważonej powołaniem jednostki nadrzędnej nad wszystkimi kierownikami projektów – Szefa Biura Projektów (PMO – Project Management Office), który jest na równorzędnym stanowisku względem szefów funkcyjnych i grupuje wiedzę o wszystkich realizowanych w instytucji projektach.

Biuro Zarządzania Projektami to komórka organizacyjna wyodrębniona w ramach Departamentu, skupiają kompetencje w zakresie wsparcia i controllingu projektów oraz rozwoju Systemu Zarządzania Projektami. Podstawowy zakres kompetencji Biura Zarządzania Projektami to wsparcie w zakresie realizacji projektów współfinansowanych ze środków zewnętrznych, w tym z funduszy Unii Europejskiej, controlling operacyjny projektów i oraz operacyjny i taktyczny programów, utrzymanie i rozwój Systemu Zarządzania Projektami.
Kierownik to osoba na stanowisku kierowniczym wyodrębniona spośród pracowników Biura Zarządzania Projektami.

Do kompetencji Kierownika należy:

• Organizacja i koordynowanie procesu monitorowania projektów przez kierowników
• programów i projektów.
• Realizacja procedury uruchomienia programu i projektu.
• Organizacja, koordynowanie i realizacja procesu controllingu programów i projektów.
• Nadzór operacyjny nad pracą kierowników programów i projektów.
• Realizując swoje kompetencje Kierownik ma prawo do:
• Przyjęcia bądź odrzucenia Koncepcji projektu.
• Wskazania kandydata na Kierownika projektu.
• Zainicjowania procesu uruchomienia projektu.
• Przyjęcia bądź odrzucenia planu projektu ze względu na ocenę oddziaływania na portfel projektu.
• Przyjęcia bądź odrzucenia Raportu z realizacji projektu.
• Wydania Kierownikowi projektu polecenia w zakresie realizacji procesu controllingu operacyjnego projektu.
• Zwołania Komitetu sterującego projektu lub programu w sytuacji, gdy uzna iż jest to konieczne.
• Przyjęcia bądź odrzucenia Raportu z zakończenia projektu.
• Zainicjowanie procesu zamknięcia projektu.
• Wyrażenia opinii w sprawie planu programu.
• Przyjęcia bądź odrzucenia Raportu z realizacji programu.
• Wydania Kierownikowi programu polecenia w zakresie związanym z realizacją procesu controllingu operacyjnego i taktycznego programu.

W ramach struktury urzędu można powołać Pełnomocnika ds. Systemu Zarządzania Projektami. Pełnomocnik ds. Systemu Zarządzania Projektami to funkcja/stanowisko powołane do utrzymania i rozwoju wdrożonego Systemu Zarządzania Projektami. Do podstawowych kompetencji tego stanowiska należy prowadzenie Księgi Systemu Zarządzania Projektami, planowanie i realizacja audytów systemowych, wdrażanie zmian w Systemie Zarządzania Projektami. Zadania te także może realizować Kierownika Biura Zarządzania Projektami

Kierownik projektu to osoba na stanowisku tymczasowym kierowniczym, wyodrębniona spośród pracowników urzędu, odpowiadająca za przebieg realizacji projektu. Do kompetencji Kierownika projektu należy:

• Organizowanie i koordynacja pracy członków Zespołu projektu.
• Organizacja i koordynowanie procesu monitorowania projektu.
• Realizując swoje kompetencje Kierownik projektu ma prawo do:
• Wskazania kandydatów na członków Zespołu projektu.
• Wydawanie wiążących poleceń członkom Zespołu Projektu w ramach zakresu prac niezbędnych do prawidłowego przeprowadzenia projektu.
• Przyjęcia bądź odrzucenia rozliczenia pracy przez członków Zespołu projektu.
• Zwołania Komitetu sterującego projektu w sytuacji, gdy uzna iż jest to konieczne z punktu widzenia interesów projektu.
• Wnioskowania o premię dla siebie i członków Zespołu projektu w sytuacji gdy projekt zakończył się sukcesem (zrealizowano przyjęte cele operacyjne projektu).