Z przeprowadzonych działań kontrolnych, regionalne izby obrachunkowe sporządzają protokół.
Protokół ten zawiera takie elementy jak:
- stwierdzone podczas kontroli fakty stanowiące podstawę do oceny działalności jednostki w zakresie zgodności z prawem,
- konkretne nieprawidłowości z uwzględnieniem ich przyczyn i skutków oraz
- wskazanie osób odpowiedzialnych za ich powstanie.
Przedstawiony dokument (protokół) powinni podpisać: inspektor, kierownik kontrolowanej jednostki oraz skarbnik (główny księgowy) lub ich zastępcy.
Powyżej wskazane osoby mogą odmówić zaparafowania protokołu, jeżeli kwestionują:
- ocenę działań jednostki na podstawie kryterium zgodności z prawem,
- prawidłowość ustalenia stanu faktycznego.
Powinni oni wówczas, w ciągu 3 dni od daty otrzymania protokołu, złożyć pisemne wyjaśnienie dotyczące przyczyn tej odmowy. Odmowę podpisania protokołu i złożenie wyjaśnień, inspektor odnotowuje w protokole. Nie stanowi ona jednak przeszkody do podpisania protokołu przez inspektora i realizacji ustaleń kontroli.