Związek metropolitalny samodzielnie prowadzi gospodarkę finansową na postawie uchwały budżetowej.

Przekazywanie związkowi metropolitalnemu, w drodze ustawy, nowych zadań wymaga zapewnienia środków finansowych koniecznych na ich realizację w postaci zwiększenia dochodów.

Za prawidłowe wykonanie budżetu związku metropolitalnego odpowiada zarząd.

Zarządowi przysługuje wyłączne prawo:

1. zaciągania zobowiązań mających pokrycie w ustalonych w uchwale budżetowej kwotach wydatków, w ramach upoważnień udzielonych przez zgromadzenie;
2. emitowania papierów wartościowych, w ramach upoważnień udzielonych przez zgromadzenie;
3. dokonywania wydatków budżetowych;
4. zgłaszania propozycji zmian w budżecie związku metropolitalnego;
5. dysponowania rezerwą budżetu związku metropolitalnego;
6. blokowania środków budżetowych w przypadkach określonych ustawą.

Gospodarka środkami finansowymi znajdującymi się w dyspozycji związku metropolitalnego jest jawna. Wymóg jawności jest spełniany w szczególności przez:

1. jawność debaty budżetowej;
2. opublikowanie uchwały budżetowej oraz sprawozdań z wykonania budżetu związku metropolitalnego;
3. przedstawienie pełnego wykazu kwot dotacji celowych udzielanych z budżetu związku metropolitalnego;
4. ujawnienie sprawozdania zarządu z działań, o których mowa w art. 44 ust. 2 pkt 1 i 2.

Dyspozycja środkami pieniężnymi związku metropolitalnego jest oddzielona od jej kasowego wykonania.

W okresie 3 lat następujących po roku, w którym związek metropolitalny został utworzony, do związku metropolitalnego i jednostek samorządu terytorialnego tworzących związek stosuje się odpowiednio art. 244 ust. 1 pkt 2 i ust. 2 oraz art. 245 ustawy o finansach publicznych.

Art. 244 ust. 1 pkt 2 i ust. 2 dotyczy uwzględniana zobowiązań zaciągniętych przez współtworzony związek i stanowi, że: 

„1. Do łącznej kwoty przypadających w danym roku budżetowym spłat i wykupów, o których mowa w art. 243 ust. 1, dodaje się, przypadające do spłaty w tym samym roku budżetowym, kwoty zobowiązań związku współtworzonego przez daną jednostkę samorządu terytorialnego: (…)

2) w wysokości proporcjonalnej do jej udziału we wpłatach wnoszonych na rzecz związku, którego jest członkiem.

2. Łączna kwota spłat i wykupów jednostki samorządu terytorialnego, o której mowa w art. 243, nie obejmuje zobowiązań związku współtworzonego przez tę jednostkę, na które jednostka udzieliła gwarancji i poręczeń”.

Natomiast art. 245 określa obowiązek informacyjny w zakresie zobowiązań związku j.s.t i wskazuje, że zarząd związku jednostek samorządu terytorialnego informuje zarządy jednostek samorządu terytorialnego tworzących związek oraz właściwą regionalną izbę obrachunkową o kwotach zobowiązań związku, w terminie 15 dni od dnia ich zaciągnięcia.

Kontrolę gospodarki finansowej związku metropolitalnego sprawuje regionalna izba obrachunkowa.