Sąd nie podzielił twierdzenia, iż badania przeprowadzane na zlecenie wojskowej komisji lekarskiej stanowią analogiczny rodzaj badań do badań pracowników wykonywanych na zlecenie pracodawców, do których ma (nie we wszystkich jednak sytuacjach) zastosowanie zwolnienie podatkowe, określone w art. 43 ust. 1 pkt 18 ustawy o VAT.

Wbrew wywodom strony skarżącej stan faktyczny w niniejszej sprawie nie jest identyczny, albowiem różne są cele świadczonych w obu przypadkach usług medycznych.

W przypadku usług świadczonych przez skarżącą, jak już wcześniej wskazano, ich celem nie jest korzyść dla poborowych, czyli nie ich zdrowie (profilaktyka, zachowanie, ratowanie) jest bezpośrednim celem wykonywanych przez skarżącą usług medycznych a potrzeba dostarczenia stosownej dokumentacji (swoistego raportu medycznego) zleceniodawcy niezbędnej w wykonywaniu jego zadań ustawowych. Natomiast głównym celem badań lekarskich pracowników jest profilaktyczna opieka zdrowotna nad tymi pracownikami w związku z ich zatrudnieniem.

Reasumując należy stwierdzić, za wyrokiem ETS wydanym w sprawie c-307/01 (pkt 60), że cel świadczenia usługi medycznej wyznacza to, czy winna ona zostać zwolniona od vat. Dlatego też, jeśli z okoliczności, w jakich świadczona jest taka usługa medyczna wynika, że jej głównym celem nie jest ochrona, w tym zachowanie, jak i odratowanie ludzkiego zdrowia, a raczej jest nim dostarczenie wiadomości specjalnych potrzebnych dla podjęcia decyzji, która będzie miała prawne konsekwencje (a taka właśnie sytuacja ma miejsce w niniejszej sprawie), usługa ta nie podlega zwolnieniu z podatku VAT.

Wyrok WSA w Gdańsku z dnia 29 lutego 2012 r. sygn. I SA/Gd 3/12

Źródło: Orzecznictwo NSA