Operat szacunkowy jest dokumentem zawierającym oceny i informacje oparte na wiedzy specjalistycznej.

Zakwestionowanie operatu szacunkowego przez organy jest dopuszczalne w przypadku, jeżeli zostanie wykazane, że przy sporządzaniu operatu doszło do naruszenia prawa albo operat zawiera ewidentne błędy, które dyskwalifikują jego walory dowodowe (por. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia: 21 stycznia 2014 r. sygn. akt I OSK 1358/12, 7 marca 2014 r. sygn. akt I OSK 1815/12, 1 lutego 2017 r. sygn. akt I OSK 721/15 i 12 października 2017 r. sygn. akt II FSK 2499/15).

Natomiast szczegółowe kwestie dotyczące merytorycznej prawidłowości operatu w aspekcie metodologicznym i dokonywania oceny w świetle wiedzy specjalistycznej - zwłaszcza standardów wyceny nieruchomości, jakimi posługują się rzeczoznawcy - nie podlegają bezpośredniej kontroli organów czy sądów administracyjnych. (por. wyrok NSA z 18 kwietnia 2018 r., sygn. akt II OSK 1448/16).

Podważenie takiego dowodu jest zatem generalnie możliwe przez sformułowanie racjonalnych, uzasadnionych zasadami wiedzy merytorycznych argumentów, bądź poprzez przedłożenie innej opinii - dotyczącej tej samej nieruchomości - sporządzonej przez osobę dysponującą stosownymi kwalifikacjami.

W szeregu wyroków sądów administracyjnych zwraca się uwagę, że w celu podważenia operatu strona powinna złożyć organowi kontroperat, z którego wynika, że istnieją rozbieżności w ocenie specjalistów, bądź przeciwdowód z opinii organizacji zawodowej rzeczoznawców majątkowych stosownie do art. 157 ust. 1 u.g.n. (por. wyrok WSA w Szczecinie z 4 października 2018 r., sygn. akt II SA/Sz 493/18, wyroki WSA w Bydgoszczy z dnia 2 października 2018 r., sygn. akt II SA/Bd 591/18 i z dnia 7 listopada 2018 r., sygn. akt II SA/Bd 587/18, wyrok WSA w Krakowie z dnia 14 grudnia 2017 r., sygn. akt II SA/Kr 1217/17, wyrok WSA w Poznaniu z dnia 23 maja 2018 r., sygn. akt IV SA/Po 1167/17).