Związek Województw Rzeczypospolitej Polskiej apeluje do Ministerstwa Rozwoju o rozdzielenie finansowania projektów termomodernizacji budynków mieszkalnych z programu krajowego i programów regionalnych. Przedsięwzięcia tzw. głębokiej termomodernizacji, przeprowadzane przez spółdzielnie mieszkaniowe i wspólnoty, mogą być finansowanie zarówno z programu Infrastruktura i środowisko, jak i z regionalnych programów operacyjnych. W opinii marszałków taka sytuacja prowadzi to do niepotrzebnej „konkurencji” pomiędzy tymi dwoma źródłami funduszy.
Spółdzielnie i wspólnoty z wybranych miast mają do wykorzystania z POIŚ na projekty termomodernizacyjne 1,14 mld zł w formie tzw. instrumentów zwrotnych. Z kolei samorządy województw zamierzają wydać na finansowanie takich przedsięwzięć łącznie 750 mln zł w formie pożyczek. Problem w tym, że nabory wniosków w ramach POIŚ (poddziałanie 1.3.2) adresowane są do coraz większego kręgu miast. Dodatkowo resort rozwoju zarządzający programem krajowym chce odstąpić od określenia minimalnej wartości projektu, dotychczas ustalonej na poziomie 3 mln. Ponadto finansowanie zwrotnie oferowane w programie krajowym jest atrakcyjniejsze niż pożyczki z programów regionalnych. Biorąc pod uwagę te okoliczności marszałkowie obawiają się wyparcia pomocy z RPO na rzecz finansowania z POIŚ. Skutkować to może niewywiązaniem się samorządów województw z przyjętych zobowiązań, z powodów całkowicie od zarządów województw niezależnych. Z tego powodu marszałkowie zwrócili się do resortu rozwoju o ustalenie wyraźniej linii demarkacyjnej pomiędzy zakresami interwencji programu krajowego i programów regionalnych.