Regionalna izba obrachunkowa na podstawie wyników kontroli, kieruje do jednostki, wystąpienie pokontrolne (art. 9 ust. 2 ustawy o RIO).

W wystąpieniu izba wskazuje:

• źródła i przyczyny nieprawidłowości,
• ich rozmiary,
• osoby odpowiedzialne oraz
• wnioski zmierzające do ich usunięcia i usprawnienia badanej działalności.

Jednostka powinna otrzymać wystąpienie pokontrolne, nie później niż w terminie 60 dni od dnia podpisania protokołu kontroli. Dzień doręczenia jest o tyle istotny, że od tego momentu liczy się 30-dniowy termin dla jednostki, na zawiadomienie izby o wykonaniu wniosków lub o przyczynach ich niewykonania.

Jak wskazał NSA w postanowieniu z dnia 31 stycznia 1994 r. (SA/Kr 132/94) wystąpienie pokontrolne, o jakim mowa w art. 9 ust. 2 ustawy z 7 października 1992 r. o regionalnych izbach obrachunkowych, kierowane przez izbę obrachunkową do kontrolowanej jednostki nie podlega zaskarżeniu do sądu administracyjnego. Jak podał Sąd w uzasadnieniu wystąpienie takie, powodujące obowiązek kontrolowanej jednostki zawiadomienia izby o wykonaniu wniosków lub o przyczynach ich niewykonania, nie stanowi bowiem rozstrzygnięcia nadzorczego izby, podlegającego zaskarżeniu do sądu administracyjnego, gdyż nie rozstrzyga o nieważności konkretnej uchwały organu gminy czy też o wydaniu tej uchwały z naruszeniem prawa (art. 91 ust. 1 i 4 i art. 86 ustawy o samorządzie gminnym).

Nie oznacza to jednak, że ustawodawca nie wyposażył jednostkę w prawo zgłoszenia uwag do wystąpienia pokontrolnego. Art. 9 ust 3 ustawy o RIO stanowi bowiem, że jednostka ma prawo zgłoszenia zastrzeżenia do wniosków zawartych w wystąpieniu pokontrolnym, które to zastrzeżenia kieruje do kolegium izby.