W trakcie okresu eksploatacji PPP zarówno wykonawca prywatny, jak i podmiot publiczny stanie w obliczu kwestii podatkowych, takich jak podatek dochodowy, podatek od wynagrodzeń, podatek od (przeniesienia własności) nieruchomości czy też podatek od towarów i usług (VAT).

Główna kwestia w zakresie aspektów podatkowych występujących przy realizacji projektu hybrydowego, jest kwestia związana z podatkiem VAT a w szczególności jego kwalifikowalność [Połączenie finansowania za pomocą dotacji UE z partnerstwem publiczno-prywatnym (PPP) na rzecz infrastruktury Modele koncepcyjne i indywidualne przykłady Sprawozdanie sporządzone na podstawie umowy o doradztwo zawartej z PricewaterhouseCoopers, JASPERS, grudzień 2010 www.ppp.gov.pl]
Przepisy unijne stanowią, że VAT podlegający zwrotowi nie stanowi wydatków kwalifikowalnych w przypadku współfinansowania ze środków unijnych.

W odniesieniu do mechanizmów dotyczących VAT w PPP możliwe są dwa scenariusze w zależności od głównego czynnika, czyli tego, czy beneficjent dotacji unijnej ma możliwość odzyskania podatku VAT.

• Beneficjent niemający możliwości odzyskania podatku VAT
  Beneficjent zleca usługi lub budowę i otrzymuje faktury VAT. Beneficjent opłaca je i tym samym płaci podatek VAT. Jednocześnie beneficjent nie ma możliwości odzyskania podatku VAT poprzez odliczenie podatku VAT od przychodów, albo zwracając się do władz skarbowych o zwrot zapłaconego podatku.
  W tej sytuacji VAT stanowi koszt kwalifikowalny, a dotację wylicza się dla nakładów inwestycyjnych brutto.
• Beneficjent będący podatnikiem VAT
  Beneficjent zleca usługi lub budowę i otrzymuje faktury VAT. Beneficjent opłaca je i tym samym płaci podatek VAT. Jednocześnie beneficjent ma możliwość odzyskania podatku VAT albo poprzez odliczenie podatku VAT od przychodów, albo zwracając się do władz skarbowych o zwrot zapłaconego podatku.
  W tej sytuacji VAT nie stanowi kosztu kwalifikowalnego, a dotację wylicza się dla nakładów inwestycyjnych netto.

Magdalena Wojciechowska - Prezes Zarządu Ingenis sp. z o.o., Koordynator projektów PPP