W świetle zapisów projektu ustawy o działalności leczniczej, samodzielny publiczny zakład opieki zdrowotnej pokrywa we własnym zakresie ujemny wynik finansowy.

Podmiot tworzący samodzielny publiczny zakład opieki zdrowotnej może, w terminie 3 miesięcy od upływu terminu zatwierdzenia sprawozdania finansowego samodzielnego publicznego zakładu opieki zdrowotnej, pokryć ujemny wynik finansowy za rok obrotowy tego zakładu, jeżeli wynik ten, po dodaniu kosztów amortyzacji, ma wartość ujemną – do wysokości tej wartości (ujemny wynik finansowy i koszty amortyzacji dotyczą roku obrotowego objętego sprawozdaniem finansowym).

W przypadku niepokrycia ujemnego wyniku finansowego, podmiot tworzący, w terminie 12 miesięcy, wydaje rozporządzenie, zarządzenie albo podejmuje uchwałę o zmianie formy organizacyjno – prawnej albo o likwidacji samodzielnego publicznego zakładu opieki zdrowotnej.

W projekcie ustawy o działalności leczniczej zmieniono pierwotną propozycję i zrezygnowano z wymagania większości kwalifikowanej przy podejmowaniu przez organ stanowiący jednostki samorządu terytorialnego uchwały w przedmiocie zmiany formy organizacyjnej albo o likwidacji samodzielnego publicznego zakładu opieki zdrowotnej, w związku z niepokryciem przez samorząd ujemnego wyniku finansowego.

Brzmienie ustawy zakłada obligatoryjność wydania rozporządzenia, zarządzenia albo podjęcia uchwały zmianie formy organizacyjno – prawnej albo o likwidacji samodzielnego publicznego zakładu opieki zdrowotnej, po upływie terminu do pokrycia ujemnego wyniku finansowego. Powołany przepis dotyczy nie tylko samorządów ale wszystkich podmiotów tworzących samodzielne publiczne zakłady opieki zdrowotnej.