Do zadań zadań jednostek samorządu terytorialnego wszystkich poziomów zaliczono opracowywanie i realizację oraz ocenę efektów programów polityki zdrowotnej wynikających z rozpoznanych potrzeb zdrowotnych i stanu zdrowia mieszkańców.
Program polityki zdrowotnej określa (art. 48a ust. 2 ustawy o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych):
- nazwę programu polityki zdrowotnej;
- okres realizacji programu polityki zdrowotnej;
- podmiot opracowujący program polityki zdrowotnej;
- podstawę prawną opracowania programu polityki zdrowotnej;
- opis choroby lub problemu zdrowotnego i uzasadnienie wprowadzenia programu polityki zdrowotnej wraz z danymi epidemiologicznymi i opisem obecnego postępowania;
- wskazanie rekomendacji, o której mowa w art. 48aa ust. 5 lub 6, której zalecenia uwzględnia program polityki zdrowotnej;
- cele programu polityki zdrowotnej i mierniki efektywności jego realizacji;
- charakterystykę populacji docelowej, w tym kryteria kwalifikacji do udziału w programie i kryteria wyłączenia, oraz charakterystykę interwencji, jakie są planowane w ramach programu polityki zdrowotnej, w tym sposób udzielania świadczeń w ramach programu, a także wskazanie, czy i w jaki sposób interwencje te są zgodne z przepisami dotyczącymi świadczeń gwarantowanych oraz czy są zgodne ze wskazaniami aktualnej wiedzy medycznej;
- organizację programu polityki zdrowotnej, w szczególności etapy programu polityki zdrowotnej i działania podejmowane w ramach etapów, oraz warunki realizacji programu polityki zdrowotnej dotyczące personelu, wyposażenia i warunków lokalowych;
- sposób monitorowania i ewaluacji programu polityki zdrowotnej;
- budżet programu polityki zdrowotnej, w tym koszty jednostkowe i całkowite oraz źródła finansowania programu polityki zdrowotnej.
Projekt programu polityki zdrowotnej jest przekazywany do Agencji Oceny Technologii Medycznych i Taryfikacji w celu wydania przez Prezesa Agencji opinii w sprawie projektu programu polityki zdrowotnej (art. 48a ust. 4 ustawy o świadczeniach). Wyjątki od tej zasady przewiduje ust. 5. Prezes Agencji sporządza opinię w terminie 2 miesięcy od dnia otrzymania projektu programu polityki zdrowotnej albo poprawionego projektu programu.
Rozpoczęcie wdrożenia, realizacji i finansowania programu polityki zdrowotnej może nastąpić wyłącznie po uzyskaniu pozytywnej albo warunkowo pozytywnej opinii albo po przesłaniu do Agencji oświadczenia, o którym mowa w art. 48aa ust. 11 ustawy o świadczeniach. Podmiot, który otrzymał warunkowo pozytywną opinię, o której mowa w ust. 4, jest obowiązany do wprowadzenia w projekcie programu polityki zdrowotnej zmian zgodnych z tą opinią przed rozpoczęciem wdrożenia, realizacji i finansowania programu polityki zdrowotnej.
Obligatoryjny charakter opinii wydawanej przez Agencję, powoduje, że obowiązkiem jest zwrócenie się o nią uprzednio, przed przyjęciem programu. W innym wypadku uchwała przyjmująca program zdrowotny (bez wymaganej prawem opinii) zostanie podjęta z istotnym naruszeniem prawa.