W każdym województwie funkcjonują finansowane z budżetu państwa laboratoria umiejscowione w strukturach inspekcji. Zbadane przez NIK jednostki odpowiadały za urzędową kontrolę żywności oraz ochronę środowiska.

Kontrolowane jednostki starały się wprowadzić specjalizację badań tłumacząc, że nie trzeba realizować jednakowego zakresu badań przez wszystkie laboratoria w ramach jednej inspekcji. W ocenie NIK, może to jednak nie wpłynąć znacząco na zwiększenie efektywności wykorzystania środków na działalność laboratoryjną, gdyż nadal będą finansowane odrębnie funkcjonujące laboratoria poszczególnych inspekcji, chociaż zakres badań jest częściowo zbieżny. Konsekwencją specjalizacji poszczególnych laboratoriów w ramach jednej inspekcji jest także przemieszczanie próbek w celu wykonania analiz, co powoduje wzrost kosztów badania oraz wpływa na wydłużenie czasu oczekiwania na badania laboratoryjne.

Wyposażenie laboratoriów kontrolowanych jednostek pozwalało na wykonywanie bieżących, podstawowych zadań inspekcji. Jednak część urządzeń była wyeksploatowana, a tym samym podatna na awarie. To znów ograniczało możliwości wprowadzania nowych metod badawczych czy skracania czasu niezbędnego do wykonania badań. Wszystkie kontrolowane laboratoria miały też nieczynne niektóre urządzenia ze względu na zły stan techniczny. 

Osobną kwestią pozostawał poziom zatrudnienia w laboratoriach. Wahał się on od 38% do 84% wszystkich pracowników inspekcji. Cztery z siedmiu kontrolowanych jednostek nie zgłaszały braków kadrowych, ale pięć sygnalizowało niewystarczający poziom wynagrodzeń pracowników laboratoriów. W konsekwencji istniała duża fluktuacja kadr, która wymuszała zmiany organizacji badań oraz skutkowała brakiem możliwości wykorzystania zakupionych, drogich urządzeń pomiarowych. 

Mając na uwadze swoje ustalenia, Najwyższa Izba Kontroli wnosi do Prezesa Rady Ministrów o podjęcie działań legislacyjnych zmierzających do wdrożenia systemu laboratoriów regionalnych (poza strukturami inspekcji), specjalizujących się w zakresie bezpieczeństwa żywności i ochrony środowiska, wykonujących analizy na potrzeby różnych inspekcji, w celu poprawy efektywności wykorzystania środków finansowych z budżetu państwa.

Z całością raportu można zapoznać się tutaj.