W przypadku przekształcenia samodzielnego publicznego zakładu opieki zdrowotnej w spółkę kapitałową na zasadach określonych w art. 69 i następnych ustawy o działalności leczniczej, czynność ta podlega opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych. Przesądza o tym treść art. 78 tej ustawy - akt przekształcenia zawiera akt założycielski spółki, a zatem umowę spółki. Umowa spółki podlega opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych na podstawie art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. k) ustawy. Podstawę opodatkowania stanowi wartość kapitału zakładowego pomniejszona o kwoty, o których mowa w art. 6 ust. 9 ustawy. Interpretacja Indywidualna wydana przez Dyrektora Izby Skarbowej w Poznaniu 21 stycznia 2014 r. ILPB2/436-285/13-2/MK.

W uzasadnieniu wskazano, że nie można jednak stwierdzić, tak jak to uczynił wnioskodawca, że dokonane przekształcenie samodzielnego publicznego szpitala wojewódzkiego jest czynnością dokonaną w sprawie zdrowia, a tym samym wyłączoną od podatku od czynności cywilnoprawnych na podstawie art. 2 pkt 1 lit. f) tej ustawy. Niewątpliwie dokonane działania mają związek ze służbą zdrowia, gdyż dotyczą kwestii organizacyjnej, a precyzyjniej struktur prawnych w jakich owa służba może działać i świadczyć przewidziane przez ustawodawcę usługi. W rozpatrywanym przypadku mamy bowiem do czynienia z wyłączeniem, co oznacza, że przepis ten należy odczytywać literalnie. Wyłączenie „stosowane jest przez ustawodawcę wtedy, gdy jego zamiarem jest wskazanie sytuacji, która - pomimo istnienia stanu faktycznego lub prawnego powodującego powstanie obowiązku uiszczenia określonej daniny publicznej - nie podlega takiemu obciążeniu. Jednocześnie ustawodawca formułuje warunki, które powinny być spełnione, aby możliwe było zastosowanie wyłączenia. Wyłączenia należy odróżnić od zwolnień. Wyłączenia są wyrazem całkowitego braku zainteresowania ustawodawcy określonymi kategoriami stanów faktycznych lub prawnych” (vide: Zbigniew Ofiarski, Komentarz do art. 2 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, wyd. LEX cytat za orzeczeniem Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Szczecinie z 10 października 2012 r. sygn. akt I SA/Sz 597/12).
Jak powszechnie przyjmuje się w orzecznictwie – wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z 3 sierpnia 2012 r. sygn. akt I SA/Kr 641/12 „(...) zasadą jest wynikająca z art. 84 Konstytucji RP powszechność opodatkowania. Wyjątki od tej zasady – jaki niewątpliwie stanowią uregulowane w art. 2 u.p.c.c. wyłączenia od opodatkowania – muszą być rozumiane w sposób ścisły i nie jest dopuszczalna jakakolwiek wykładnia rozszerzającą w tym zakresie. Sąd zauważa również, że nakładanie ciężarów podatkowych, w tym określanie ich zakresu podmiotowego i przedmiotowego, leży w gestii ustawodawcy, który dysponuje w tym zakresie autonomią (art. 217 Konstytucji RP)”.

Źródło: interpretacje-podatkowe.org