Zgodnie ze stanowiskiem Komisji Europejskiej przyjęcie planów ochrony czy planów zadań ochronnych dla obszarów Natura 2000 nie wyklucza przyznania rolnikom gospodarującym na tych obszarach płatności z programu rolnośrodowiskowego. Płatności takie mogą być jednak przyznane wyłącznie za działania dobrowolne wykraczające poza zakres norm obowiązkowych. Tymczasem polski system prawny nie przewiduje rozróżnienia w planach zadań obligatoryjnych i dodatkowych.

Aby usunąć ten mankament Ministerstwo Środowiska przygotowało projekty dwóch rozporządzeń:

1. rozporządzenia zmieniającego rozporządzenie w sprawie sporządzania projektu planu zadań ochronnych dla obszaru Natura 2000;
2. rozporządzenia zmieniającego rozporządzenie w sprawie sporządzenia projektu planu ochrony dla obszaru Natura 2000.

W obu przypadkach zmieniana materia dotyczy wprowadzenia wymogu rozdzielenia w planach działań obligatoryjnych i fakultatywnych.
Oba projekty rozporządzeń zostały równolegle skierowane do rozpatrzenia przez Zespół ds. Obszarów Wiejskich, Wsi i Rolnictwa, a także Zespół ds. Infrastruktury, Rozwoju Lokalnego, Polityki Regionalnej oraz Środowiska.