Likwidacja Funduszu Kościelnego, opłacanie składek na ubezpieczenia: emerytalne, rentowe, wypadkowe i zdrowotne za duchownych przez poszczególne kościoły i związki wyznaniowe, 0,5% odpis z podatku dochodowego od osób fizycznych na kościoły i związki wyznaniowe na zasadach analogicznych do 1% odpisu na OPP – te zapowiedzi rządu znalazły swoje odzwierciedlenie w przesłanym do Komisji Wspólnej Rządu i Samorządu Terytorialnego projekcie ustawy.
Dwa pierwsze założenia nie wymagają uszczegóławiania. Trzecia zmiana ma stanowić dla kościołów i związków wyznaniowych swoistą rekompensatę likwidacji Funduszu Kościelnego. Podatnik podatku dochodowego od osób fizycznych będzie mógł przekazać 0,5% podatku obliczonego zgodnie z odrębnymi przepisami na rzecz wybranego przez siebie kościoła albo innego związku wyznaniowego.
Minister właściwy do spraw wyznań religijnych oraz mniejszości narodowych i etnicznych będzie sporządzał na dzień 31 października każdego roku wykaz kościołów i innych związków wyznaniowych uprawnionych do otrzymywania 0,5% podatku. W wykazie będą znajdowały się kościoły i związki wyznaniowe o sytuacji prawnej uregulowanej nieprzerwanie od co najmniej 3 lat o ile nie złożyły wniosku o niezamieszczanie ich w rejestrze i nie została wobec nich wszczęta lub zarządzona likwidacja.
W okresie pierwszych trzech lat uprawnione kościoły i związki wyznaniowe będą uprawnione do otrzymywania z budżetu państwa dotacji podmiotowych przeznaczonych na zaliczki środków uzyskanych z odpisów podatkowych, przy czym sumaryczna kwota dotacji nie może w każdym z lat okresu przejściowego przekroczyć kwoty przewidzianej w 2013 roku na Fundusz Kościelny. Środki między poszczególne kościoły i związki wyznaniowe będą dzielone proporcjonalnie do udziału każdego z nich w kwocie należnej z Funduszu Kościelnego w 2012 roku.
Nie sposób nie zauważyć, że przy okazji opisywanej zmiany około połowa kosztów ponoszonych do tej pory przez stronę rządową została przerzucona na jednostki samorządu terytorialnego. O ile bowiem Fundusz Kościelny był w całości finansowany z budżetu państwa, to zaproponowany odpis podatkowy uszczupla wpływy z podatku dochodowego od osób fizycznych – w których to jednostki samorządu mają w przybliżeniu udział 1/2. Okoliczność ta nie została w ocenie skutków regulacji wskazana.
Projekt ustawy o zmianie ustawy o gwarancjach wolności sumienia i wyznania oraz niektórych innych ustaw będzie opiniowana równolegle przez dwa zespoły Komisji Wspólnej: Zespół ds. Administracji Publicznej i Bezpieczeństwa Obywateli oraz Zespół ds. Systemu Finansów Publicznych.
