Po przeprowadzeniu przez organ prowadzący rejestr kontroli podmiotów wykonujących działalność leczniczą w zakresie zgodności wykonywanej działalności z przepisami określającymi warunki wykonywania działalności leczniczej, sporządza się protokół.

Z przeprowadzanych czynności kontrolnych sporządza się protokół, który zawiera:

1. imię i nazwisko oraz adres miejsca zamieszkania albo firmę albo nazwę oraz adres siedziby;
2. adres miejsca udzielania świadczeń zdrowotnych;
3. datę rozpoczęcia i zakończenia czynności kontrolnych;
4. imiona i nazwiska osób wykonujących czynności kontrolne;
5. opis stanu faktycznego;
6. stwierdzone nieprawidłowości;
7. wnioski osób wykonujących czynności kontrolne;
8. datę i miejsce sporządzenia protokołu;
9. informację o braku zastrzeżeń albo informację o odmowie podpisania protokołu oraz o przyczynie tej odmowy.

Protokół podpisują osoby wykonujące czynności kontrolne oraz kierownik podmiotu wykonującego działalność leczniczą. Jeżeli po sporządzeniu protokołu, a przed jego podpisaniem kierownik podmiotu wykonującego działalność leczniczą zgłosi umotywowane zastrzeżenia co do faktów stwierdzonych w trakcie kontroli i opisanych w protokole, osoby wykonujące czynności kontrolne są obowiązane zbadać dodatkowo te fakty i uzupełnić protokół. Zgłoszenie zastrzeżeń nie stanowi przeszkody do podpisania protokołu przez osoby wykonujące czynności kontrolne.

Protokół kontroli sporządza się w dwóch egzemplarzach, z których jeden egzemplarz przekazuje się kierownikowi podmiotu wykonującego działalność leczniczą.

Kierownik podmiotu wykonującego działalność leczniczą, w terminie 7 dni od dnia otrzymania protokołu, ma prawo do wniesienia zastrzeżeń co do sposobu przeprowadzenia czynności kontrolnych oraz ustaleń zawartych w protokole.

Na podstawie ustaleń zawartych w protokole organ prowadzący rejestr:

1. wykreśla podmiot wykonujący działalność leczniczą - w przypadku stwierdzenia następujących okoliczności:
   1. złożenia oświadczenia, o którym mowa w art. 100 ust. 2 ustawy o działalności leczniczej, niezgodnego ze stanem faktycznym;
   2. rażącego naruszenia warunków wymaganych do wykonywania działalności objętej wpisem;
   3. niezastosowania się do zaleceń pokontrolnych, o których mowa poniżej.

2. w innych przypadkach wydaje zalecenia pokontrolne mające na celu usunięcie stwierdzonych nieprawidłowości i określa termin ich wykonania.