Polską tradycją staje się podejmowanie prac nad nowelizacją świeżo uchwalonych ustaw – niejednokrotnie wcześniej niż upłynie ich vacatio legis. Ustawa o systemie informacji oświatowej uchwalona została 15 kwietnia 2011 roku, zaś w życie ma wejść 30 kwietnia 2012 roku. Ministerstwo Edukacji Narodowej pracuje już jednak nad jej nowelizacją. Będzie ona zwiększała anonimowość gromadzonych w SIO danych dotyczącej pomocy psychologiczno-pedagogicznej, a jednocześnie dokonywała kilku zmian o charakterze porządkującym.
Zgodnie z pierwotnym brzmieniem ustawy dane dotyczące objęcia ucznia pomocą psychologiczno-pedagogiczną gromadzone są w SIO w sposób jednostkowy, tj. w powiązaniu z danymi identyfikacyjnymi uczniów. Najprawdopodobniej dostrzeżono w tym zagrożenie dla dóbr osobistych, gdyż Ministerstwo zaproponowało zmianę sposobu gromadzenia tych danych. O ile na poziomie bazy lokalnej dalej będą one powiązane z konkretnym uczniem, to po przekazaniu znajdą się nie w zbiorach danych uczniów, lecz w zbiorach danych odpowiednio poradni, szkół i przedszkoli. Znajdą się tam zatem jedynie dane o liczbie uczniów, którym przedszkole, szkoła lub poradnia psychologiczno-pedagogiczna udzieliła określonych form pomocy. Nie dyskutując tu sensowności takiego rozwiązania należy wskazać, że łamie to dotychczasową zasadę przekazywania danych – pomiędzy tożsamymi zbiorami danych (dane z danego zbioru w lokalnej bazie danych SIO trafiały do analogicznego zbioru w bazie danych SIO).
Analogiczna zmiana dotyczy informacji o uczestniczeniu przez uczniów w zajęciach wychowania do życia w rodzinie.
Proponowane zmiany o porządkowym charakterze dotyczą w szczególności: rezygnacji z objęcia SIO szkół, zespołów szkół oraz szkolnych punktów konsultacyjnych przy przedstawicielstwach dyplomatycznych, urzędach konsularnych i przedstawicielstwach wojskowych RP, stworzenia możliwości gromadzenia w Systemie danych o wynikach egzaminów eksternistycznych potwierdzających kwalifikacje w zawodzie oraz informacji o uzyskaniu przez ucznia dyplomu potwierdzającego kwalifikacje zawodowe, zmiany terminów przekazywania danych do bazy danych SIO oraz zmiany terminu publikacji szczegółowego komunikatu XML (z 1 grudnia 2012 roku na 31 grudnia 2012 roku).
