Tworząc akt prawny prawodawca stara się przewidzieć skutki jego funkcjonowania. Życie zazwyczaj jest jednak bogatsze od wyobraźni i pojawiają się nieoczekiwane zachowania. Co jakiś czas – na podstawie obserwacji praktyki – konieczne jest dokonanie odpowiedniej nowelizacji porządkującej. Taką nowelizację – w odniesieniu do Ordynacji podatkowej oraz ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych – przygotowało właśnie Ministerstwo Finansów. Założenia do ustawy nowelizującej trafiły do zaopiniowania do Zespołu ds. Systemu Finansów Publicznych.

1.  instytucji interpretacji przepisów prawa podatkowego. Jak wskazują projektodawcy trzyletni okres funkcjonowania instytucji interpretacji przepisów prawa podatkowego wskazuje, iż obowiązująca w obecnej wysokości opłata za wydanie interpretacji nie odzwierciedla jakości oraz pracochłonności związanej z tą instytucją. Opłata ta jest jednakowa dla wszystkich podmiotów i wynosi 40 zł. Zestawienie tej opłaty z cenami usług świadczonych przez doradców podatkowych, radców prawnych i adwokatów powoduje, iż podatnicy, w tym przede wszystkim duże podmioty, traktują interpretacja indywidualne jako praktycznie darmową instytucję doradczą specjalizującą się w optymalizacji podatkowej. Dzieje się tak nawet wówczas, gdy podmiot korzysta z usług profesjonalnego pełnomocnika. Aby przeciwdziałać takim sytuacjom proponuje się podniesienie opłaty do kwoty 1000 zł w przypadku wniosków o wydanie interpretacji indywidualnej złożonych przez takie podmioty jak np.: podatkowe grupy kapitałowe, banki, zakłady ubezpieczeń, oddziały lub przedstawicielstwa przedsiębiorstw zagranicznych. Inne proponowane zmiany dotyczą w szczególności: wprowadzania delegacji umożliwiającej ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych upoważnienie podległych mu organów w kompetencję zmiany z urzędu interpretacji indywidualnej, unormowania ochrony wnioskodawcy w przypadku błędnego pouczenia, określenia formy aktu administracyjnego w zakresie umorzenia postępowania interpretacyjnego, sprostowania oraz odmowy wydania interpretacji indywidualnej oraz likwidacja obowiązku umieszczania w BIP wniosków o wydanie interpretacji;
2. porozumień w sprawach ustalenia cen transakcyjnych (advance pricing agreements – APA). Porozumienia takie dotyczą uznania prawidłowości wybory i stosowania metody ustalania ceny transakcyjnej w transakcjach między powiązanymi ze sobą podmiotami. Uznanie porozumienia następuje w drodze decyzji właściwego organu skarbowego. Potrzeba dokonania zmian wynika przede wszystkim z konieczności uregulowania oraz doprecyzowania poszczególnych zagadnień w celu usunięcia wątpliwości interpretacyjnych wyłaniających się na tle stosowania obecnie obowiązujących przepisów;
3. zasad zaokrąglania w podatku dochodowym od osób fizycznych podatny opodatkowania i podatku dla niektórych przychodów z kapitałów pieniężnych. Obowiązujące obecnie przepisy przewidują zaokrąglanie podstawy opodatkowania oraz kwot należnego podatku do pełnego złotego zgodnie z zasadami arytmetyki. Oznacza to, że końcówki kwot mniejsze niż 50 gr zaokrągla się w dół, a równe lub wyższe niż 50 gr zaokrągla się w górę. Konstrukcja taka oznacza, że naliczenie (wypłata) skapitalizowanych odsetek w maksymalnej kwocie 2,49 zł nie rodzi obowiązku zapłaty podatku dochodowego (kwota ta jest bowiem zaokrąglana do 2 zł, a 19% podatek od tej kwoty wynoszący arytmetycznie 38 gr zostaje zaokrąglony do zera). Wykorzystują to niektóre banki i instytucje finansowe, które oferują lokaty z dzienna kapitalizacją odsetek. Lokata tak skonstruowana nie przekraczająca wartości 18.000 zł (przy założeniu rocznego oprocentowania na poziomie 5%) jest wolna od podatku. Banki oferują przy tym możliwość zakładania wielu lokat, co powoduje, że bez względu na wielkość lokowanych środków nie są one opodatkowane. Trudno się dziwić, że taka oferta budzi zainteresowanie w społeczeństwie i udział „lokat antypodatkowych” w ogólnej sumie depozytów gospodarstw domowych kształtuje się na poziomie 13%. Celem przeciwdziałania utracie dochodów podatkowych Ministerstwo Finansów proponuje zmienić zasady zaokrąglania poprzez przyjęcie, że jest ono dokonywanie nie z dokładnością do złotówki, lecz do grosza;
4.  zasad ustalania dochodu z działów specjalnych produkcji rolnej. U osób fizycznych prowadzących działy specjalne produkcji rolnej dochód jest ustalany alternatywnie: na podstawie księgi przychodów i rozchodów albo ksiąg rachunkowych, jeżeli osoby prowadzące działy specjalne zgłosiły zamiar prowadzenia ksiąg, albo przy zastosowaniu norm szacunkowych dochodu z określonej powierzchni upraw lub jednostki produkcji zwierzęcej. Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale z dnia 17 stycznia 2011 r. sygn. II FPS 2/10 uznał, że dochód z działów specjalnych produkcji rolnej może być ustalany na podstawie norm szacunkowych, bez względu na wysokość uzyskanych przychodów. Uwzględniając fakt, iż wysokość dochodu z działów specjalnych produkcji rolnej przy zastosowaniu norm szacunkowych nie wiąże się z rzeczywistym dochodem osiąganym z tej działalności, a w konsekwencji nie oddaje również rzeczywistych rozmiarów tej działalności, Ministerstwo Finansów upatruje w przywołanym orzeczeniu zagrożenia dla wysokości dochodów podatkowych. Celem przeciwdziałania temu zjawisku proponuje precyzyjne określanie zasad ustalania dochodu z działów specjalnych produkcji rolnej poprzez wskazanie sytuacji, w których dochód ten będzie ustalany na poszczególnych podstawach.