W związku z koniecznością skorygowania nieprecyzyjnego brzmienia przepisów, zapewnienia wzajemnej zgodności przepisów krajowych oraz ich dostosowania do ustaleń podjętych podczas spotkania z strony polskiej z przedstawicielami Komisji Europejskiej (KE) opracowany został projekt rozporządzenia Ministra Środowiska zmieniającego rozporządzenie w sprawie siedlisk przyrodniczych oraz gatunków będących przedmiotem zainteresowania Wspólnoty, a także kryteriów wyboru obszarów kwalifikujących się do uznania lub wyznaczenia jako obszary Natura 2000.

Wprowadzane zmiany dotyczą w szczególności:

• wskazania, że ochronie w formie wyznaczenia obszarów Natura 2000 podlega w szczególności siedlisko przyrodnicze „Kwaśna dąbrowa”. Komisja Europejska wskazała, że obecne określenie „Pomorski kwaśny las brzozowo-dębowy” jest zawężające w porównaniu do pierwotnie uzgodnionej listy siedlisk wymagających ochrony;
• uzupełnienie rozporządzenia o wykaz gatunków ptaków, które po spełnieniu kryteriów wskazanych w rozporządzeniu, wymagają ochrony w formie wyznaczenia obszarów Natura 2000. Wykaz ten jest co do zasady skorelowany z wykazem zawartym w rozporządzeniu Ministra Środowiska z dnia 12 stycznia 2011 roku w sprawie obszarów specjalnej ochrony ptaków Natura 2000;z katalogu gatunków uzasadniających wprowadzenie ochrony w formie wyznaczenia obszarów Natura 2000 wykreślono m.in. berniklę kanadyjską jako gatunek inwazyjny, zaś dodano krzyżodzioba świerkowego i potrzeszcza.