Bieg terminu przedawnienia rozpoczyna się niezależnie od wydania decyzji w przedmiocie stwierdzenia obowiązku zwrotu dotacji i jedynie przed jego upływem możliwe jest jej skuteczne prawnie doręczenie beneficjentowi.
Odnośnie zagadnienia, od jakiego momentu termin ten biegnie należy wskazać, że bieg terminu przedawnienia należy ściśle wiązać z charakterem zobowiązania podlegającego zwrotowi. Jeżeli zatem przyznane środki finansowe są środkami nienależnymi w rozumieniu ustawy, a obowiązek zwrotu dofinansowania nienależnego powstaje z chwilą zaistnienia przesłanek przewidzianych przepisami prawa, to obowiązek zwrotu należy wiązać z dniem otrzymania tych środków przez beneficjenta. Powyższe stanowisko wynika z brzmienia art. 207 ust. 1 u.f.p., wskazując m.in. na fakt, że ustawodawca nakazuje liczyć odsetki od zwracanej kwoty od dnia przekazania środków beneficjentowi, w zakresie odsetek, traktując te środki jak zaległości podatkowe. Podobną regułę odnośnie daty, od której nalicza się odsetki beneficjentowi dotacji z budżetu jednostki samorządu terytorialnego, który wykorzystał środki niezgodnie z przeznaczeniem, przyjmuje art. 252 ust. 6 pkt 1 u.f.p.
W konsekwencji zastosowanie art. 70 § 1 O.p. prowadzi do rezultatu, że pięcioletni termin przedawnienia, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności, w przypadku wykorzystania środków niezgodnie z przeznaczeniem lub w nadmiernej wysokości, rozpoczyna swój bieg od dnia otrzymania tych środków przez beneficjenta. W takich więc przypadkach wydanie i doręczenie decyzji powinno nastąpić w ciągu pięciu lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym dotacja była przyznana i powinna zostać wykorzystana zgodnie z przeznaczeniem.
Doprecyzowując - bieg terminu przedawnienia zobowiązania do zwrotu dotacji pobranych z budżetu jednostki samorządu terytorialnego wykorzystanych niezgodnie z przeznaczeniem, pobranych nienależnie lub w nadmiernej wysokości, rozpoczyna się z końcem roku, w którym beneficjent otrzymał i miał wykorzystać dotację.
