W odwołaniu od decyzji wydanej na podstawie art. 51 ust. 3 Prawa budowlanego strony postępowania mogą kwestionować jedynie to, co było przedmiotem rozstrzygnięcia w zaskarżonej decyzji. Nie można w odwołaniu tym podnosić zarzutów w stosunku do decyzji wcześniej wydanej na podstawie art. 51 ust. 1 pkt 2 Prawa budowlanego, od której służyły środki zaskarżenia.

Również w orzecznictwie podkreśla się, że postępowanie naprawcze uregulowane w art. 51 Prawa budowlanego jest dwuetapowe i najpierw organ nadzoru budowlanego nakłada na inwestora określone obowiązki na podstawie art. 51 ust. 1 pkt 2 lub 3, po czym sprawdza, czy te obowiązki zostały wykonane i w zależności od tego wydaje odpowiednią decyzję na podstawie art. 51 ust. 3 albo art. 51 ust. 4 lub ust. 5 Prawa budowlanego.

Na drugim etapie postępowania naprawczego chodzi tylko o sprawdzenie, czy nałożone na inwestora obowiązki zostały wykonane, a nie o to, czy sprawa dotyczy samowoli budowlanej, czy też legalnej budowy z istotnymi odstępstwami od zatwierdzonego projektu budowlanego lub innych warunków pozwolenia na budowę. Materialnoprawną podstawę działania organów w rozpoznawanej sprawie stanowił przepis art. 51 ust. 3 pkt 2 Prawa budowlanego, zgodnie z którym po upływie terminu lub na wniosek inwestora, właściwy organ sprawdza wykonanie obowiązku, o którym mowa w ust. 1 pkt 2, i wydaje decyzję w przypadku niewykonania obowiązku - nakazującą zaniechanie dalszych robót budowlanych bądź rozbiórkę obiektu lub jego części, bądź doprowadzenie obiektu do stanu poprzedniego.

Niewątpliwie zgodzić należy się ze skarżącym, że stwierdzenie odnośnie do wykonania obowiązku i wydanie decyzji na podstawie art. 51 ust. 3 Prawa budowlanego powinno być poprzedzone dokładnym wyjaśnieniem stanu faktycznego, z uwzględnieniem przepisów regulujących kwestie dowodowe, tj. art. 7, art. 77 § 1, art. 80 k.p.a., które zobowiązują do podjęcia rozstrzygnięcia na podstawie faktów i udowodnionych okoliczności, poddanych następnie wszechstronnej analizie, zgodnie z zasadą prawdy obiektywnej i swobodnej oceny dowodów.