Programy polityki zdrowotnej opracowywane, wdrażane, realizowane i finansowane przez jednostki samorządu terytorialnego, w przypadku gdy dotyczą świadczeń gwarantowanych objętych programami profilaktyki zdrowotnej oraz programami zdrowotnymi realizowanymi odpowiednio przez ministrów oraz Narodowy Fundusz Zdrowia, muszą być z nimi spójne merytorycznie i organizacyjnie.
W pierwszej kolejności wskazane kryterium oznacza przede wszystkim nie powielanie świadczeń dostępnych w ramach programów wdrażanych przez ministrów lub Narodowy Funduszu Zdrowia. Działania realizowane przez samorząd mogą mieć natomiast element uzupełniający względem świadczeń udzielanych w ramach wskazanych programów np. edukacyjny, informacyjny.
Minister Zdrowia realizuje przykładowo Program badań przesiewowych noworodków w Polsce, Program kompleksowej diagnostyki i terapii wewnątrzmacicznej w profilaktyce następstw i powikłań wad rozwojowych i chorób płodu - jako element poprawy stanu zdrowia płodów i noworodków na lata 2014-2017, Narodowy program leczenia chorych na hemofilię i pokrewne skazy krwotoczne Leczenie antyretrowirusowe osób żyjących z wirusem HIV w Polsce, Program leczenie niepłodności metodą zapłodnienia pozaustrojowego na lata 2013-2016, Program zapobiegania depresji w Polsce na lata 2015-2019 (Lista programów realizowanych przez Ministra Zdrowia oraz ich opis dostępne są TUTAJ).
Narodowy Fundusz Zdrowia realizuje Populacyjny Program Wczesnego Wykrywania Raka Piersi (mammografia); Program profilaktyki raka szyjki macicy (cytologia), Program profilaktyki gruźlicy, Program badań prenatalnych, Program profilaktyki chorób układu krążenia oraz Program profilaktyki chorób odtytoniowych (Lista programów realizowanych przez Narodowy Fundusz Zdrowia oraz ich opis dostępne są TUTAJ).
Na konieczność uwzględniania w planowanych przez samorząd programach polityki zdrowotnej działań już podjętych na szczeblu centralnym, zwraca uwagę również Agencja Oceny Technologii Medycznych i Taryfikacji (przykład Opinia nr 19/2015 z 9 lutego 2015 r. czy Opinia nr 60/2015 z 12 marca 2015 r., w których zwrócono uwagę na powielanie świadczeń już udzielanych w ramach programu finansowanego przez NFZ w zakresie profilaktyki chorób odtytoniowych). Ponieważ warunek spójności merytoryczna i organizacyjna samorządowych programów polityki zdrowotnej z programami ministrów oraz NFZ jest jednym z kryteriów oceny projektu programu jego nieruszenie skutkuje uzyskaniem nagatywnej opinii Agencji.
