Przepisy niektórych ustaw o stosunku Państwa do kościołów i innych związków wyznaniowych w zakresie dotyczącym regulacji spraw majątkowych, przewidują możliwość przywrócenia własności nieruchomości objętej stosowanym wnioskiem rewindykacyjnym lub przeniesienia własności zamiennej, a gdy jest to niemożliwe – wypłaty odszkodowania. Agencja Nieruchomości Rolnych uczestniczy obecnie w postępowaniach regulacyjnych, gdy dotyczą one nieruchomości rolnych.

W odniesieniu do nieruchomości nierolnych kompetencja jest ograniczona wyłącznie do gruntów znajdujących się w Zasobie Własności Rolnej Skarbu Państwa. Stan ten prowadzi do sytuacji, w której w przypadku niemożliwych do rewindykowania kościołom nieruchomości nierolnych wypłacane jest odszkodowanie. Jak wskazuje Minister Administracji i Cyfryzacji odszkodowanie gotówkowe jest jednak najmniej korzystną forma zaspokajania roszczeń kościelnych osób prawnych, szczególnie w aktualnej sytuacji budżetowej Państwa. W związku z tym Minister Administracji i Cyfryzacji zaproponował, aby umożliwić przekazywanie w toku postępowań regulacyjnych kościelnym osobom prawnym nieruchomości zamiennych z Zasobu Własności Rolnej Skarbu Państwa również w tych przypadkach, gdy przedmiotem postępowań regulacyjnych są nieruchomości inne niż nieruchomości rolne.

Zmianę tę zawiera projekt ustawy o zmianie ustawy o gospodarowaniu nieruchomości rolnymi Skarbu Państwa. Projekt ten będzie opiniowany przez Zespół ds. Obszarów Wiejskich, Wsi i Rolnictwa Komisji Wspólnej Rządu i Samorządu Terytorialnego.