Rekompensata wypłacana na rzecz operatora publicznego transportu zbiorowego może zostać wypłacona z trzech różnych tytułów.

Po pierwsze z tytułu utraconych przychodów w związku ze stosowaniem ustawowych uprawnień do ulgowych przejazdów w publicznym transporcie zbiorowym. Po drugie z tytułu utraconych przychodów w związku ze stosowaniem uprawnień do ulgowych przejazdów w publicznym transporcie zbiorowym ustanowionych na obszarze właściwości danego organizatora, o ile zostały ustanowione. Po trzecie z tytułu poniesionych kosztów w związku ze świadczeniem przez operatora usług w zakresie publicznego transportu zbiorowego.

Rozróżnienie to jest o tyle istotne, że ustawa o publicznym transporcie zbiorowym w różny sposób reguluje kwestie związane z uruchamianiem środków z poszczególnych tytułów wypłaty rekompensaty.

Przepis art. 54 ust. 1 i 2 stanowi bowiem, że do zadań organizatora należy przyjęcie wniosku o wypłatę rekompensaty oraz jego weryfikacja i w przypadku pozytywnego jej wyniku dokonanie wypłaty rekompensaty  jedynie z tytułu straty związanej z realizacją usług w zakresie publicznego transportu zbiorowego oraz utraconych przychodów w związku ze stosowaniem uprawnień do ulgowych przejazdów w publicznym transporcie zbiorowym ustanowionych na obszarze właściwości danego organizatora.

W pozostałym zakresie tj. w zakresie w jakim wniosek dotyczy rekompensaty w części stanowiącej zwrot utraconych przychodów z tytułu stosowania ustawowych uprawnień do ulgowych przejazdów w publicznym transporcie zbiorowym, organizator (o ile nie jest nim marszałek lub minister) występuje do właściwego marszałka województwa z wnioskiem o jej przekazanie.

Źródło: Publiczny transport zbiorowy w pytaniach i odpowiedziach, M. Król, ZPP, Warszawa 2015