Projekt realizowany jest według określonych faz od momentu powstania, identyfikacji pomysłu, wdrożenia, aż do zakończenia i utrzymania jego trwałości.  Cykl życia projektu składa się z: programowania, identyfikacji, formułowania, finansowania, wdrożenia i ewaluacji.

Programowanie polega na uzgodnieniu między krajami – beneficjentami, a Unią Europejską strategii krajowej.  Ustala się warunki i zasady współpracy. Analizowana jest sytuacja na poziomie narodowym i sektorowym tak, by określić obszary wymagające wsparcia, problemy i wytyczyć cele. Dokonuje się tego w oparciu o wskaźniki społeczno-ekonomiczne, narodowe priorytety i wytyczne Unii Europejskiej. W fazie identyfikacji analizie poddane są pomysły na projekty. Należy zbadać problemy, sprawdzić czy nadal są aktualne, określić osoby, które skorzystają z projektu i które są zainteresowane jego realizacją – partnerzy, interesariusze, ostateczni beneficjenci. Określić czy realizacja przedsięwzięcia jest możliwa i rentowna. W tej fazie wykorzystuje się analizy: problemów, celów i strategii.

W fazie formułowania odpowiednie idee rozwijane są w operacyjne plany projektu. Beneficjenci oraz interesariusze biorą udział w szczegółowym określeniu idei projektu, która następnie oceniana jest pod kątem wykonalności (czy ma szanse powodzenia) oraz trwałości (czy będzie w stanie dostarczyć trwałych korzyści beneficjentom). Do sformułowania planu logicznego projektu służy Matryca Logiczna Projektu (czasem używany jest termin Macierz Logiczna Projektu), pozwala na strukturyzację celów w formie hierarchii, zgodnie z którą weryfikowane będą założenia projektu oraz definiowane wskaźniki i dobierane właściwe źródła weryfikacji. Kolejnym etapem jest przygotowanie harmonogramu działań i budżetu.

W kolejnej fazie dokonywana jest ocena projektu przez Instytucję Zarządzającą, która wydaje decyzję dotyczącą finansowania. W zależności od trybu wyróżnia się oceną formalną i merytoryczną. Po uzyskaniu odpowiedniej liczby punktów, wydana zostaje decyzja o finansowaniu i  podpisywana jest umowa z Wnioskodawcą.  Faza wdrażania polega na uruchomieniu i realizacji projektu. W trakcie wdrażania kadra zarządzająca  ocenia aktualny postęp w odniesieniu do celów i w razie konieczności dokonuje korekt w sposobie wprowadzania projektu w życie.

Ostatnim etapem jest ewaluacja, czyli ocena projektu, pozwalająca na identyfikację osiągnięć w stosunku do założonych celów i  wyciągnięcie wniosków na przyszłość. W ramach ewaluacji dokonuje się oceny odpowiedniości, skuteczności, efektywności, wpływu i trwałości projektu w stosunku do jego określonych celów. Sprawdzana jest również spójność planowania w ramach projektu. Ewaluacja opiera się na podstawowych zasadach: bezstronności, niezależności i wiarygodności.