W miarę możliwości kontrolę podmiotu leczniczego przeprowadza się w zespołach liczących co najmniej dwóch kontrolujących, spośród których wyznacza się kierownika zespołu.

Czynności kontrolne w jednostce kontrolowanej przeprowadza kontrolujący na podstawie imiennego upoważnienia, udzielonego przez podmiot uprawniony do kontroli - po okazaniu legitymacji służbowej, a jeżeli w danej jednostce nie są wydawane legitymacje służbowe - po okazaniu dokumentu pozwalającego na ustalenie tożsamości.

Upoważnienie do przeprowadzenia kontroli zawiera:

1. oznaczenie wydającego upoważnienie oraz numer, datę i miejsce wystawienia;
2. wskazanie podstawy prawnej;
3. imię i nazwisko kontrolującego oraz numer jego legitymacji służbowej lub numer dokumentu pozwalającego na ustalenie tożsamości;
4. nazwę i adres jednostki kontrolowanej;
5. określenie zakresu kontroli;
6. wskazanie daty rozpoczęcia i przewidywanego terminu zakończenia kontroli (okres ważności upoważnienia);
7. podpis osoby udzielającej upoważnienia z podaniem zajmowanego stanowiska lub funkcji;
8. pouczenie o prawach i obowiązkach jednostki kontrolowanej.

Wzór upoważnienia stanowi załącznik do rozporządzenia Ministra Zdrowia z dnia 20 grudnia 2012 r. w sprawie sposobu i trybu przeprowadzania kontroli podmiotów leczniczych.

W przypadku gdy w trakcie przeprowadzania kontroli zaistnieje konieczność wydłużenia czasu trwania czynności kontrolnych lub rozszerzenia zakresu kontroli, podmiot uprawniony do kontroli przedłuża okres ważności upoważnienia, przez uczynienie na nim stosownej wzmianki, lub wydaje nowe upoważnienie do przeprowadzenia kontroli.