Zastosowanie art. 36a ust. 1 Prawa budowlanego jest możliwe w przypadku tożsamości obiektu oznaczonego w pozwoleniu na budowę i obiektu, którego zamierzone odstępstwa dotyczą. Zastosowanie tej regulacji nie może doprowadzić do wybudowania innego obiektu, choćby jego przeznaczenie było podobne czy nawet identyczne – brzmi teza wyroku WSA w Gdańsku z dnia 24 czerwca 2020 r., sygn. akt: II SA/Gd 723/19.

Inwestor, który chce dokonać istotnego odstąpienia od zatwierdzonego projektu budowlanego lub innych warunków pozwolenia na budowę, musi uzyskać nową decyzję pozwoleniu na budowę, ograniczoną tylko do tych aspektów inwestycji, które mają ulec zmianie. Decyzja o zmianie pozwolenia na budowę jest decyzją uprawniającą do rozpoczęcia i prowadzenia robót budowlanych (objętych przedmiotową zmianą), a zatem jest w pewnym sensie rozstrzygnięciem, o którym mowa w art. 28 ust. 1 Prawa budowlanego. Postępowanie w sprawie zmiany pozwolenia na budowę wszczynane jest w sprawie nowej w stosunku do rozstrzygniętej wcześniej decyzją o pozwoleniu na budowę lecz jest ograniczone merytorycznie tylko do zakresu dokonywanej zmiany projektu budowlanego i decyzji o pozwoleniu na budowę. Organ, prowadząc postępowanie odnośnie do zmiany pozwolenia na budowę, nie dokonuje ponownej oceny całego zamierzenia budowlanego. Jest on bowiem związany ostateczną decyzją o pozwoleniu na budowę, a nowe postępowanie w sprawie zatwierdzenia projektu zamiennego może dotyczyć jedynie wprowadzonych do niego zmian.